阴道毛滴虫主要宿主于阴道的鳞状上皮表面中，而不是宿主于柱状上皮表面。在阴道，毛滴虫可引发急性炎症反应，使阴道分泌物减少，含有大量多核细胞，引领毛滴虫在阴道腔内或粘于阴道粘膜细胞表面，而不转入粘膜内。在粘膜表面常有微量小出血点、病变颗粒层和棘细胞层。
毛细血管有炎症现象。女性阴道病毒感染毛滴虫后，一般要经过4至28天的潜伏期，主要展现出大量臭味脓性阴道分泌物，分泌物呈圆形泡沫状。
相当严重时白带可混有血液。多数病人有外阴炎症和灼热感、排尿困难、疼痛、尿频、尿急、甚至间歇血尿等。症状往往于月经前后、胎儿、疲惫或房事后减轻。检查时可找到外阴发炎、放纵、阴唇水肿、阴道及宫颈粘膜肿胀及尿道炎、松林腹股沟擦烂等。
相当严重病人阴道壁和子宫颈有出血点和放纵、呈圆形典型的“杨梅状”、宫颈可肿胀、水肿。男性尿道也是病毒感染毛滴虫的主要地方。无症状占到50至90%。
引发尿道炎者展现出为尿痛、尿频，50至60%有尿道分泌物减少现象，呈圆形脓性或粘液性分泌物，量很少，仅有于晨间在尿道口处有一微液，排便后消失，分泌物常与间断性的，时有时无。与女性病毒感染阴道毛滴虫病症状有所不同。阴道毛滴虫病是一种普通的妇科炎症，阴道毛滴虫病的主要症状为白带增多，分泌物呈圆形白色至绿色，同质性，有时脓性，较平流层，有腥臭，带上泡沫，恶性肿瘤相当严重时尚可混有血液。
其次为外阴炎症，以阴道口及外阴为明显，常有烧灼感及性交痛。月经紊乱的症状并不少见。
当滴虫宿主在尿道及膀胱内，可产生滴虫性膀胱炎，经常出现尿频、尿急甚至再次发生间歇性血尿现象，这也是滴虫性阴道炎较为少见的症状之一。滴虫也是造成不育的原因之一。
临床表现白带增多及外阴炎症滴虫阴道炎的主要症状是平流层的泡沫状白带增多及外阴炎症，若有其他细菌混合病毒感染则排出物呈圆形脓性，可有臭味，炎症部位主要为阴道口及外阴，不定有灼热、疼痛、性交痛等。若尿道口有病毒感染，可有尿频、尿痛，有时可见血尿。
检查时可见阴道粘膜肿胀，严重者有散在的发炎斑点，后穹窿有多量白带，呈圆形灰黄色、黄白色平流层液体或为黄绿色脓性分泌物，经常呈圆形泡沫状。带上虫者阴道粘膜可无出现异常找到。少数患者阴道内有滴虫不存在而无炎症反应，称作带上虫者。
有人指出滴虫分开不存在时无法引发炎症，因其消耗阴道上皮细胞内糖原，转变了阴道酸碱度，毁坏了防御机制，增进继发性的细菌感染，常在月经期前后、妊娠期或产后等阴道Ph转变时，引发炎症发作。临床要点典型病例临床较难，若能在阴道分泌物中寻找滴虫才可发病。悬滴法检查滴虫最简单的方法是覆滴法。
有症状的患者中，其阳性率平均80%～90%。特1小滴温生理盐水于玻片上，于阴道后穹窿处取少许分泌物混于生理盐水中，立刻在低倍镜下找寻滴虫。若有滴虫，可见其呈圆形波状运动而移动方位，均可看到周围白细胞等被流逝。
检验必需及时并需留意御寒，否则滴虫活动力降低，导致辨识艰难。培育法怀疑患者，若多次悬滴法没能找到滴虫时，可送培育，准确度平均98%左右。
所取分泌物前24～48小时防止性交、阴道灌洗或局部用药，所取分泌物前不不作双合诊，窥器不涂润滑剂。
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